提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
宁夏回族自治区政协十二届一次会议在银川开幕******
中新网银川1月12日电 (记者 杨迪)1月12日上午,中国人民政治协商会议第十二届宁夏回族自治区委员会第一次会议在银川开幕,新一届宁夏回族自治区政协委员们心怀良策、共聚一堂。
会议应出席委员418人,实到367人,符合规定人数。
十一届宁夏回族自治区政协主席崔波代表宁夏回族自治区政协十一届常委会,向大会作宁夏回族自治区政协十一届常委会工作报告。
宁夏回族自治区政协十二届一次会议在银川开幕。 钱友辉 摄崔波说,2022年是党和国家历史上具有里程碑意义的一年。中共二十大胜利召开,吹响了全面建设社会主义现代化国家、全面推进中华民族伟大复兴的奋进号角。宁夏召开第十三次党代会,开启了全面建设社会主义现代化美丽新宁夏的新征程。一年来,宁夏回族自治区政协及其常委会坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导,深入学习宣传贯彻中共二十大精神,全面贯彻落实宁夏回族自治区第十三次党代会决策部署,在全国政协的有力指导和宁夏回族自治区党委的坚强领导下,充分发挥专门协商机构作用,团结引导政协委员和各族各界人士聚焦中心履职尽责,高质量完成年度协商计划,全面深入做好总结,扎实开展“制度落实年”活动,届末之年成为了奋进之年、收获之年。
崔波说,过去五年,是宁夏政协事业开拓奋进、创新发展的五年。中共中央高度重视人民政协事业发展,首次召开中央政协工作会议,宁夏回族自治区党委大力支持政协工作,宁夏回族自治区政协认真贯彻落实中央决策部署及宁夏回族自治区党委工作要求,在继承中发展、在发展中创新,做了一系列既打基础利长远,又具实效性开创性的工作,展现了新面貌、干出了新样子。五年来,常委会扎实有效推进政协系统党的建设,持续深入加强作风和纪律建设,推动政协更好成为坚持和加强党对各项工作领导的重要阵地。坚持把加强思想政治引领、广泛凝聚共识融入各项履职活动中,切实做到建言成果、思想收获一体设计、一体实现。精心选定协商内容,不断丰富协商形式,着力提升协商质量,注重培育协商文化,推动协商履职成效更加明显。着力在强化委员责任担当、提高机关干部能力素质上下功夫,不断夯实履职基础、强化履职能力、提升履职实效。坚持以改革创新精神推动政协理论创新、制度创新、工作创新,走出了坚实的履职脚步。
崔波在报告中对今后工作提出建议。他说,要在推进协商民主广泛多层制度化发展上探索创新;在坚持发扬民主和增进团结相互贯通上积极实践;在提高深度协商互动、意见充分表达、广泛凝聚共识上持续用力;在更好履行职能、拓宽联系渠道上求实求新;在不断提出真正解决问题的新理念新思路新办法上寻求突破。
会议听取宁夏回族自治区政协十一届委员会常务委员会关于提案工作情况的报告,通过宁夏回族自治区政协十二届一次会议提案审查委员会名单。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |